El Santuario de San Miguel in Excelsis es un lugar de leyendas donde residen más de mil años de historia. En su interior guarda el Retablo de Aralar, una obra cumbre de la esmaltaría europea que sorprende por su composición con más de 39 piezas. La leyenda cuenta que fue un regalo de novios que ofreció Ricardo Corazón de León a Berenguela de Navarra, como promesa de que se casaría con ella.

En cuanto al templo, también tiene su propia leyenda con tintes fantásticos. Según este relato tradicional, Teodosio de Goñi, a su vuelta de la guerra contra los árabes, fue engañado por el diablo, quien le dijo que su mujer le estaba traicionando con un criado. Furioso, corrió a su dormitorio con una daga y apuñaló a la pareja que yacía en ella, que resultaron ser sus propios padres. Al darse cuenta de su crimen, Teodosio peregrinó a Roma para pedir perdón ante el Papa, que le condenó a volver a la sierra arrastrando unas cadenas. Cuando llegó a Aralar, Teodosio se encontró con un dragón e imploró a San Miguel que le defendiese. El santo se le apareció, matando al dragón y liberándole de sus cadenas. Como agradecimiento, Teodosio construyo el santuario, donde se dice que aún se guardan sus cadenas.